Urfa Kalesi’nin M.Ö. 10.000 yıllarına ait neolitik bir alan üzerine kurulduğu tahmin edilmektedir. Kalenin yanıbaşında çıkarılan ve Şanlıurfa Müzesinde sergilenen 12.000 yılık Balıklıgöl Heykeli ve Kale alanı, Balıklıgöl havzasının tarihini gözler önüne sermektedir. Kale ile ilgi ilk kayıtlar 11.yüzyıla aittir. Kale ilgili kabul edilen görüş: M.S. 812-814 yılları arasında Abbasiler döneminde yapıldığıdır. Kalenin üzerindeki korint başlıklı iki sütun Edessa Karalı 9. MANU döneminde, M.S. 240-242 yılları arasında birer anıt sütun olarak yapılmıştır. Doğudaki sütun üzerindeki Süryanice kitabede: "Ben askeri komutan BARŞAMAŞ (Güneşin oğlu)'in oğlu AFTUHA. Bu sütunu ve üzerindeki heykeli veliaht Prens MANU kızı, kral MANU eşi, hanımefendim ve velinimetim kraliçe ŞALMETH için yaptım" yazılıdır. Urfa Kalesi’nin, üç tarafı kayadan oyma hendek ile çevrilidir. Ayrıca Aynzeliha Tüneli ile kale ile Aynzeliha Gölü arasında geçit sağlanmıştır.
